著名历史学家吕振羽在 《中国历史讲稿》中指出:“到了有巢氏,我们的祖先才开始和动物区别开来……从此就开始了人类历史” 。
凌家滩遗址自1985年被发现,经过文物考古部门的五次大规模发掘,认定遗址其年代距今5500—5300年之间,是长江下游巢湖流域迄今发现面积最大、保存最完整的新石器时代人类聚落遗址。经遥感测定,凌家滩遗址的总面积达160万平方米,发现了大型祭祀,红陶块砌成水井和建筑遗迹,以及墓葬和大量的玉器、石器和陶器,足以佐证,凌家滩遗址是已存在政、军、神三权的有巢氏聚落中心。
20世纪90年代,安徽科技出版社出版方克逸主编《巢湖》人物篇明确记载:有巢氏“因居巢得名与有巢氏发明巢居有关,而被视为巢湖人。”2006年,巢湖籍学者宁业高研究员、钱玉春副研究员,合著的《中华始祖有巢氏论纲》,通过当代考古文物考证古今文献,论证巢湖流域是有巢氏生籍地望。2007年,凌家滩遗址第五次考古发掘,发掘领队张敬国研究员从M23墓葬所出土的300余件丰富文物分析,墓主人当是聚落中心的神权领袖。在远古时代,血缘氏族是人类从原始人群转变到氏族部落的重要标志之一,其基本特征是族民对先祖充满缅怀心理和崇拜意识。据此足以佐证:凌家滩的先民就是史料所记载的有巢氏,凌家滩遗址就是有巢氏时代的聚落中心,有巢氏的生籍地望就在巢湖流域。
古史的年代越久,给后人留下的谜团也就越多,有巢氏便是如此:他率领子民在哪里筑巢为室?这是一个怎样的国度?在流传至今的史籍的缝隙中,后人只能捕捉一点关于他的流光碎影。《遁甲开山图》记载有巢氏王天下百余代。